本堂
明治24年（1891年）の濃尾地震により倒壊したため、明治26年（1893年）六世の倍禅慧定の時に再建されました。昼間は自由にお参りしていただけます。本堂入口にはスロープがあり、車椅子のまま本堂に入っていただくことも可能です。本堂内は、葬儀・法事やイベントなどで利用する際、快適に過ごしていただくために、椅子席と冷暖房を完備しています。
そして永正寺本堂の何よりの特徴は、150インチのスクリーン、映画館にも匹敵する高画質の4Kプロジェクター、5.1chサラウンドの音響システム、反響板や舞台照明まで備えていることです。これらの設備を用いて開催している映画鑑賞会やコンサートでは、迫力満点の映像や演奏者の息遣いまで感じられる臨場感たっぷりの音楽を、寺院本堂ならではの伝統建築の中で楽しむことができます。
山門
平成16年（2004年）、開創五百年記念事業として建立されました。通常、お寺の山門は、屋根から雨が落ちて跳ね返った水による腐食を防ぐため30～50cmの高さの「基段」の上に柱が据えられますが、永正寺の山門はその「基段」をなくし、禅宗寺院の山門の厳めしい風情を守りながらもバリアフリーを実現しています。
また、永正寺の山門には扉もありません。扉はあっても閉めない場合が多いので、開放感を演出するために設けませんでした。入口の松並木から山門を通ってまっすぐと続く参道は、段差がないことと相まって、とても入りやすい雰囲気になっています。
鐘楼
大正5年（1916年）建立。現在の鐘は、以前のものが戦争に供出されたため、昭和23年（1948年）に七世の月江真澄が住職のときに鋳造されたものです。20年ぐらい前から「梵鐘自動巧鳴機」により毎日お昼の12時と夕方6時に自動で鐘が鳴るようになっています。
悟りの大塔
昭和60年（1985年）建立。般若心経1万余巻を納めています。正面中央に釈尊降魔像が鎮座するこの塔は、彫刻家・小池郁男氏（愛知県立芸術大学教授）によって製作されました。
想いの滝
平成26年（2014年）完成。円を描いて湧出する水が石段を広がりながら落ちていく、“水と緑の永正寺”にふさわしい水庭です。名称は公募し、滝を眺める人々それぞれが銘々の想いとともに水の流れと音を感じてほしいという意味を込めて、「想いの滝」に決定しました。
茶所
平成16年（2004年）完成。お客さまが来たときやイベントのときなどに使用しています。お寺の婚活パーティー「良縁 寺カフェ」などもここで行われます。
ここにはソフトクリームの器械が常備されています。施餓鬼のときなどにお子さんに作ってあげたり、できる子には作ってもらったりします。子どもの頃からお寺を身近に感じ、印象に残る経験をすることで、将来、そのことを懐かしむとともに自然とご先祖様に手を合わせる心ができていく、何あったときにお寺や仏教の教えを必要としてくれることにつながっていく、というのが住職の考えです。
住職曰く「ソフトクリーム器を入れるために、この建物（茶所）をつくったっ！」とのことです。
藤棚
藤は永正寺のある江南市の花でもあります。藤棚の木陰に据えられたベンチに腰掛ければ、藤の花だけでなく、境内の設えと木花が織りなす風景に心身が癒やされます。棚には霧状の水を散布することで体感温度を下げることができるドライミストを設置し、暑い日でも涼を取ることができるようになっています。
墓地
敷地の西側には墓地が広がります。平成27年（2015年）には「永代供養集合墓」が完成しました。永正寺の集合墓は、気兼ねなく参拝しやすい屋外型でありながら、合祀ではなく小型の石壺にお骨を納めることで、普通のお墓に近いかたちでお参りすることができるようになっています。
駐車場
敷地の南側にある駐車場の収容台数は約100台。各種行事やイベント、葬儀のときなどに利用していただいています。また、その広さを生かして、平日の朝7時半から行っているラジオ体操や、夏の盆踊り大会の会場としても利用しています。